El Grupo de Investigación en Agroecología contribuye al desarrollo agrario nacional y al mejoramiento del bienestar de las familias rurales, mediante el desarrollo de las siguientes líneas de investigación: Sostenibilidad de los sistemas agropecuarios, Agrobiodiversidad, Protección vegetal, Ecología de los sistemas agrarios y Estudios Socioeconómicos en torno a Sistemas Agroecológicos.
Dinamizar propuestas de producción animal enmarcadas en la misión del centro, que propendan por el aseguramiento de sistemas agropecuarios sostenibles que garanticen la producción de alimentos sanos tanto agrícolas como pecuarios posibilitando de esta manera el desarrollo de pequeños y medianos productores y comunidades campesinas dentro del marco de la recuperación y conservación de los recursos naturales.
Creación de una línea de investigación que busque diseñar una estrategia que tienda al desarrollo organizacional y competitivo del sector productivo, como mecanismo de respuesta a los cambios internos y externos de las organizaciones. Haciendo extensiva la participación activa de los miembros de los sectores académicos, productivos (públicos y oficiales), aceleradores de ideas y capital humano que busquen dinamizar el desarrollo sostenible y la cohesión e inclusión social.